|
Analyse
bioinformatique des séquences
Exercice avec ClustalW > Alignement multiple : ClustalW Connectez vous à http://www.ebi.ac.uk/clustalw/. Copier-coller les séquences suivantes dans le cadre correspondant (premier jeu de données). >sp|P24665| MKFSTILTGSLFATAALAAPLTEKRRARKEARAAGKRHSNPPYIPGSDKE ILKLNGTTNEEYSSNWAGAVLIGDGYTKVTGEFTVPSVSAGSSGSSGYGG GYGYWKNKRQSEEYCASAWVGIDGDTCETAILQTGVDFCYEDGQTSYDAW YEWYPDYAYDFSDITISEGDSIKVTVEATSKSSGSATVENLTTGQSVTHT FSGNVEGDLCETNAEWIVEDFESGDSLVAFADFGSVTFTNAEATSGGSTV GPSDATVMDIEQDGSVLTETSVSGDSVTVTYV >sp|P41748| MVVFSKVTAVVVGLSTIVMLSLWSSRAKGFTIFLVARPVTNKKTVNLPAV YANALTKYGGTVPDSVKAAASSGSAVTTPEQYDSEYLTPVKVGGTTLNLD FDTGSADLWVFSSELSASQSSGHAIYKPSANAQKLNGYTWKIQYGDGSSA SGDGYKDTVTVGGVTAQSQAVEAASHISSQFVQDKDNDGLLGLAFSSINT VSPSDYFLYTVKSQLDSPLFAVTLKYHAPGTYDFGYIDNSKFQGELTYTD VDSSQGFWMFTADGYGVGNGAPNTNSISGIADTGTTLLLLDDSVVADYYR QVSGAKNSNQYGGYVFPCSTKLPSFTTVIGGYNAVVPGEYINYAPSLTQL YLLRRHQSNSGLGFSIFGDIFLKSQYVVFDSQGPRLGFALRHR >sp|Q12567| MVVFSKTAALVLGLSTAVSAAPAPTRKGFTINQIARPANKTRTVNLPGLY ARSLAKFGGTVPQSVKEAASKGSAVTTPQNNDEEYLTPVTVGKSTLHLDF DTGSADLWVFSDELPSSEQTGHDLYTPSSSATKLSGYSWDISYGDGSSAS GDVYRDTVTVGGVTTNKQAVEAASKISSEFVQDTANDGLLGLAFSSINTV QPKAQTTFFDTVKSQLDSPLFAVQLKHDAPGVYDFGYIDDSKYTGSITYT DADSSQGYWGFSTDGYSIGDGSSSSSGFSAIADTGTTLILLDDEIVSAYY EQVSGAQESYEAGGYVFSCSTDLPDFTVVIGDYKAVVPGKYINYAPVSTG SSTCYGGIQSNSGLGLSILGDVFLKSQYVVFNSEGPKLGFAAQA >sp|Q06902| MVILSKVAAVAVGLSTVASALPTGPSHSPHARRGFTINQITRQTARVGPK TASFPAIYSRALAKYGGTVPAHLKSAVASGHGTVVTSPEPNDIEYLTPVN IGGTTLNLDFDTGSADLWVFSEELPKSEQTGHDVYKPSGNASKIAGASWD ISYGDGSSASGDVYQDTVTVGGVTAQGQAVEAASKISDQFVQDKNNDGLL GLAFSSINTVKPKPQTTFFDTVKDQLDAPLFAVTLKYHAPGSYDFGFIDK SKFTGELAYADVDDSQGFWQFTADGYSVGKGDAQKAPISGIADTGTTLVM LDDEIVDAYYKQVQGAKNDASAGGYVFPCETELPEFTVVIGSYNAVIPGK HINYAPLQEGSSTCVGGIQSNSGLGLSILGDVFLKSQYVVFDSQGPRLGF AAQA >sp|P55325| MVVFSKTAALVLGLSTAVSAAPAPTRKGFTINQIARPANKTRTVNLPGLY ARSLAKFGGTVPQSVKEAASKGSAVTTPQNNDEEYLTPVTVGKSTLHLDF DTGSADLWGFSDELPSSEQTGHDLYTPSSSATKLSGYSWDISYGDGSSAS GDVYRDTVTVGGVTTNKQAVEAASKISSEFVQDTANDGLLGLAFSSINTV QPKAQTTFFDTVKSQLDSPLFAVQLKHDAPGVYDFGYIDDSKYTGSITYT DADSSQGYWGFSTDGYSIGDGSSSSSGFSAIADTGTTLILLDDEIVSAHY EQVSGAQESYEAGGYVFSCSTDLPDFTVVIGDYKAVVPGKYINYAPVSTG SSTCYGGIQSNSGLGLSILGDVFLKSQYVVFNSEGPKLGFAAQA >sp|P17946| MVVFSKTAALVLGLSSAVSAAPAPTRKGFTINQIARPANKTRTINLPGMY ARSLAKFGGTVPQSVKEAASKGSAVTTPQNNDEEYLTPVTVGKSTLHLDF DTGSADLWVFSDELPSSEQTGHDLYTPSSSATKLSGYTWDISYGDGSSAS GDVYRDTVTVGGVTTNKQAVEAASKISSEFVQNTANDGLLGLAFSSINTV QPKAQTTFFDTVKSQLDSPLFAVQLKHDAPGVYDFGYIDDSKYTGSITYT DADSSQGYWGFSTDGYSIGDGSSSSSGFSAIADTGTTLILLDDEIVSAYY EQVSGASGETEAGGYVFSCSTNPPDFTVVIGDYKAVVPGKYINYAPISTG SSTCFGGIQSNSGLGLSILGDVFLKSQYVVFNSEGPKLGFAAQA v Après avoir consulté votre alignement, copiez le. Revenez alors à la page précédente et copiez cet alignement dans le cadre premier jeu de données. > Reconstruction phylogénétique : ClustalW (méthode de NJ puis bootstrap : seqboot) Une fois l'alignement copié dans le cadre premier jeu de données dans traitement demander génération d'un arbre phylogénique à partir d'un alignement. Vous obtenez un arbre. Revenez encore une fois à la page précédente pour estimer la signification de cet arbre en demandant un bootstrap et en copiant collant le même alignement. |
