8. - La phylogénie 8.2 - Les outils et programmes [suite]
Les principaux packages en phylogénie
GCG La chaîne de programmes dans GCG est la suivante :
pileup [alignement multiple] >>distances [construction arbre] >>growtree [représentation graphique]
Le calcul des distances 2 à 2 entre les séquences alignées par pileup peut être fait selon plusieurs méthodes :
> Uncorrected distance
> Jukes-Cantor distance
> Kimura protein distance
ClustalW Dans les différentes rubriques de ClustalW, on trouve :
1. Multiple alignments qui permet d'aligner les séquences
2. Phylogenetic trees :
> Draw tree qui permet la création de l'arbre selon la méthode de NJ
> Bootstrap qui permet l'évaluation de l'arbre
L'arbre ainsi généré pourra être repris dans les logiciels d'édition graphique d'arbre comme Njplot.
Environnement PHYLIP Ensemble de plus de 40 programmes concernant la phylogénie moléculaire.
Documentation générale : http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/phylogeny/phylip-fr.html
Alignement multiple : utiliser un logiciel comme ClustalW avec, comme option de sortie des fichiers, le format Phylip.
Méthodes de construction d'arbres Parcimonie : dnapars (dna), protpars (prot)
Distances : dnadist (Kimura ; ML ; JC), Protdist, fitch, kitsch, neighbor
Vraisemblance : dnaml
Evaluation de l'arbre : seqboot, consens
