Plusieurs problèmes se posent :
Tout d’abord, a-t-on besoin d’amplifier toute la région sur laquelle porte l’alignement, ou bien peut on se contenter uniquement d’une portion. La difficulté du choix des amorces est différent dans les deux situations. En même temps se pose le problème de la dégénérescence ou non des amorces : dans tous les cas, si l’on dégénère, il faut éviter de dépasser les 32 combinaisons en gardant comme règle que l’on peut dégénérer plutôt en 5’ mais pas trop en 3’ car il faut vraiment que l’assemblage soit de très bonne qualité en 3’ si l’on veut réaliser l’accrochage et le début de la polymérisation.

Les 2 cas :

a/ on veut amplifier la région entière : il est possible dans ce cas, de réécrire le consensus en ne gardant que quelques séquences car si l’on prend l’intégralité de l’alignement multiple, le taux global de conservation rend souvent difficile l’obtention d’amorces efficaces.

b/ on prend une partie de la région d’intérêt et on ne prend en compte qu’une région très conservée. C’est suffisant pour que la partie amplifiée servent ensuite de marqueur de l’espèce par exemple comme sonde pour autres analyses.

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Document modifié le 17 juillet, 2017