Analyse bioinformatique des séquences

L'évolution de la structure générale du génome conduit à des contraintes évolutives (composition en bases, vitesse d'évolution, par exemple) qui s'exercent simultanément sur tous ou un grand nombre de gènes indépendamment de la fonction particulière de chaque gène. La phylogénie tente de reconstituer les filiations évolutives (arbres) aboutissant aux séquences étudiées. Elle permet, à partir de séquences alignées, la suggestion d'un arbre phylogénétique qui tente de reconstruire l'histoire des divergences successives durant l'évolution, entre les différentes séquences et leur ancêtre.

Quelques définitions :
Horloge moléculaire
Hypothèse selon laquelle une certaine molécule évoluerait de façon constante au cours du temps. Selon cette théorie, des vitesses évolutives différentes sont possibles pour différentes molécules. Si l'on admet cette théorie et que l'on connaît le taux d'accumulation des mutations, il est possible d'estimer le temps de divergences d'espèces en comparant leur diversité moléculaire.
Distance évolutive
Nombre de substitutions au cours de l'évolution entre séquences.
Il en existe plusieurs types. Exemples : distance de Jukes et Cantor, distance de Kimura, distance de Poisson entre séquences protéiques...
Transversion
Substitution d'une purine en une pyrimidine ou d'une pyrimidine en une purine au niveau d'une séquence d'ADN.

	L'évolution de la structure générale du génome conduit à des contraintes évolutives (composition en bases, vitesse d'évolution, par exemple) qui s'exercent simultanément sur tous ou un grand nombre de gènes indépendamment de la fonction particulière de chaque gène. La phylogénie tente de reconstituer les filiations évolutives (arbres) aboutissant aux séquences étudiées. Elle permet, à partir de séquences alignées, la suggestion d'un arbre phylogénétique qui tente de reconstruire l'histoire des divergences successives durant l'évolution, entre les différentes séquences et leur ancêtre. Quelques définitions : Horloge moléculaire Hypothèse selon laquelle une certaine molécule évoluerait de façon constante au cours du temps. Selon cette théorie, des vitesses évolutives différentes sont possibles pour différentes molécules. Si l'on admet cette théorie et que l'on connaît le taux d'accumulation des mutations, il est possible d'estimer le temps de divergences d'espèces en comparant leur diversité moléculaire. Distance évolutive Nombre de substitutions au cours de l'évolution entre séquences. Il en existe plusieurs types. Exemples : distance de Jukes et Cantor, distance de Kimura, distance de Poisson entre séquences protéiques... Transversion Substitution d'une purine en une pyrimidine ou d'une pyrimidine en une purine au niveau d'une séquence d'ADN.

1.	Méthodes de reconstruction à partir de séquences
2.	Les outils et programmes