I.2 Formatage (Utilisation de ReadSeq)

Cette étape est indispensable dans la mesure où, selon les sites, certains serveurs acceptent tous types de fichiers, d'autres réclament la séquence et rien d'autre, d'autres enfin demandent un format spécifique comme par exemple un format « Fasta ».

Vous disposez de la séquence inconnu.seq qui est un fichier texte standard contenant la séquence brute, c'est à dire sans aucun commentaire. Utilisez ReadSeq (http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi.) pour mettre votre séquence au format Fasta. Vous enregistrerez le résultat dans le fichier inconnu.tfa.

Information : exemple de format Fasta
>em|U03177|FL03177 Feline leukemia virus clone FeLV-69TTU3-16.
AGATACAAGGAAGTTAGAGGCTAAAACAGGATATCTGTGGTTAAGCACCTGTGAGGCCAA
GAACAGTTAAACCCCGGATATAGCTGAACAGCAGAAGTTTCGCCAGCAGTCTCCAGGCTC

II. Inversion/Complementation ( Utilisation de Revseq)

Bien que la plupart des logiciels que vous utiliserez par la suite soient capables d'effectuer automatiquement l'inversion et/ou la complémentation si nécessaire, vous pouvez avoir besoin de visualisez votre séquence sous un autre angle. Pour cela utilisez RevSeq (http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/revseq.html) sur votre séquence inconnu.tfa et générez une nouvelle séquence que vous enregistrerez sous inconnu.revseq.

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Document modifié le 8 janvier, 2008