Exercises de bio-informatique

III. Recherche de similarité par comparaison de la séquence avec les banques généralistes internationales (Utilisation de Blast/Fasta)
Deux logiciels peuvent être utilisés dans ce type d'analyse. Il s'agit de Blast et Fasta. Chacun possède ses spécificités et il est conseillé sauf en cas de réponse évidente de prendre le temps d'effectuer les deux types de comparaison.

Utilisation de Blast : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

Comparez la séquence inconnu.tfa et la banque  nr avec le logiciel Blastn.
NB : Vous noterez soigneusement les réponses aux questions qui vous sont posées sur votre cahier d'expérience.

  • La séquence inconnu.tfa existe-t-elle déjà dans une banque ?
  • Y-a-t-il des séquences similaires dans les banques ? si oui lesquelles et quelles sont les références correspondantes ?
  • Trouve-t-on un alignement significatif avec une/des séquences nucléotidiques ?     

     

    Chez des eucaryotes ?

    Chez des procaryotes ?