VI. Recherche de motifs

Les premiers éléments qui ont été recherchés sont les régions codantes, mais la caractérisation d'une séquence nécessite la recherche d'autres éléments tels que des motifs de régulation.

Recherche de motifs contenus dans des bases de données : exemple des sites de fixation à des facteurs de transcription (TfScan)

Afin d'étudier la régulation potentielle du gène contenu dans inconnu.tfa, recherchez avec le logiciel TfScan (http://biotools.umassmed.edu/cgi-bin/biobin/tfscan ) les éventuels sites de fixation à des facteurs de transcription contenus dans votre séquence. Les motifs consensus correspondants aux sites connus sont stockés dans la base Transfac. Afin de limiter le nombre de résultats, contentez vous d'une recherche sur la classe Other de la base TransFac.

Quels sont les sites non ubiquitaires, que vous pouvez identifier ?

Compte tenu des positions des sites dans la séquence et sachant que les éléments de régulation se situent en général dans la région 5' du gène c'est à dire en amont du début de la partie codante, quels sont les sites qui sont susceptibles d'être actifs ?

Quelles informations quant à la régulation du gène vous apportent-ils ?

Point3 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

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Document modifié le 8 janvier, 2008