IV. Recherche de motifs contenus dans la banque PROSITE

Maintenant que vous avez déjà des hypothèses sur la fonction et l'origine de la séquence, l'analyse de la séquence primaire se poursuit avec la recherche d'éléments biologiquement intéressants qu'elle est susceptible de contenir.

Pour affiner la caractérisation de votre protéine recherchez les motifs de la banque PROSITE contenus dans votre séquence. Pour cela utilisez le logiciel ScanProsite (http://www.expasy.ch/tools/scanprosite/) en copiant/collant votre séquence sans commentaires.

Dans un premier temps, recherchez tous les motifs possibles. Combien de résultats obtenez vous ?

Si le nombre de motifs obtenus est élevé, refaites la même recherche en demandant d'exclure les motifs à haute probabilité d'occurrence (ils n'apportent que peu d'informations car ils sont très souvent présent dans toutes les protéines).

Quelles informations vous apportent les motifs restants ?
Sont-elles cohérentes avec les hypothèses que vous avez formulées aux vues des résultats de comparaison de séquences ?

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Document modifié le 8 janvier, 2008