V.  Recherche de domaines de la bases PRODOM

Un autre moyen de caractériser une protéine, est de rechercher si elle présente non pas des motifs comme dans la partie précédente, mais des domaines déjà identifiés. Ces domaines sont regroupés dans des bases de données comme la base PRODOM et sont très représentatifs d'une structure et/ou d'une fonction. Recherchez donc si votre séquence inconnu.prot, contient des domaines de la banque PRODOM (http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php).

Le logiciel de recherche dans la base correspond à une version de BlastP. Les résultats seront donc interprétés de façon identique à un résultat de comparaison de séquences, à la différence que les éléments reconnus dans la base de données ne sont pas des séquences mais des domaines.

Les résultats confirment-ils les hypothèses déjà formulées précédemment?

 

Point6 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

A ce stade, vous avez toutes les raisons de penser que votre séquence fait partie d'une famille fonctionnelle clairement identifiée. L'étape suivante consiste à réaliser un alignement multiple de votre séquence avec d'autres protéines caractéristiques de cette famille. La dernière étape consistera à garder une séquence représentative de cette famille dans plusieurs organismes et d'établir avec un arbre phylogénétique.

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Document modifié le 28 juin, 2010