VII.  Phylogénie

L'objectif de cette partie est de construire un arbre phylogénétique en utilisant une séquence protéique pour représenter chaque espèce ou variété.

1/ Création du fichier multiple
Afin de respecter un équilibre dans le poids de chaque organisme dans l'échantillon de séquences, vous ne garder qu'une séquence par organisme en supprimant du fichier multi.txt 1KWF_A ; 1CEM ; AB059267 ; Il vous reste au total 10 séquences. Enregistrez ce nouveau fichier sous phylo.txt.

2/ Construction de l'arbre 
Retournez au menu de départ de clustalW (http://www.ebi.ac.uk/clustalw/). Refaites comme dans la partie VI alignement des séquences contenues dans phylo.txt et sélectionnez format de sortie de l'alignement multiple : phylip. Une fois l'alignement réalisé, choisissez phylip : parcimonie puis protpars (votre analyse porte sur des protéines). Cette étape vous permet d'établir un arbre selon la méthode de parcimonie qui minimise le nombre d'événements nécessaires à la construction de la filiation.

Compte tenu des résultats, quelles hypothèses pouvez-vous faire sur l'organisme dont est potentiellement issue votre séquence inconnue.prot ?

Dans quel groupe évolutif cet organisme semble-t-il s'insérer ?

Point8 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

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Document modifié le 8 janvier, 2008