2/Réalisation de l'alignement sur le fichier de séquences : multi.txt

Pour réaliser un alignement multiple des 13 séquences contenues dans le fichier multi.txt, utilisez le logiciel clustalW (http://www.ebi.ac.uk/clustalw/).

Utilisez la commande « parcourir » pour charger le fichier multi.txt dans le premier jeu de données.  Choisissez comme traitement : alignement multiple et nature des données : protéique. Vous obtenez un premier résultat qui peut ensuite être traiter dans editaln. Dans cette partie editaln, votre alignement est directement inséré, il reste à choisir le traitement. Choisissez profil des similitudes qui vous donne une vision globale du degré de conservation de vos séquences dans votre échantillon de départ.
Répondez aux questions suivantes en notant bien vos conclusions dans votre cahier d'expérience.

Cette famille fonctionnelle est-elle globalement très conservée au niveau des séquences ?

Se dégage t-il  des zones fortement conservées au sein de cette famille ?

Si oui pouvez-vous mettre ces zones très conservées en relation avec les éléments  (motifs ou domaines) identifiés dans les partie IV et V de cet exercice ?

Point7 :

Notez vos conclusions sur votre cahier d'expérience. Lorsque vous avez terminé, vous pouvez consulter notre commentaire afin de vérifier le bon déroulement de votre réflexion.

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Document modifié le 9 septembre, 2005