Exercises de bio-informatique

Classiquement, les étapes de détermination d’amorces sont :
1. Recherche de séquences apparentées à notre gène d’intérêt dans les banques de séquences
2. Construction d’un fichier multiple de ces séquences apparentées
3. Réalisation d’un alignement multiple
4. Détermination du meilleur couple d’amorces pour l’expérience de PCR.

Les questions qui se posent à vous pour l’étape 4 (la liste n’est pas exhaustive ! !) doivent porter sur les points suivants :
Quelle partie de ma séquence X dois-je amplifier (séquence entière, fragment) ?
Dois-je dégénérer mes amorces ?
Quels sont les critères importants pour sélectionner un couple d’amorces ?

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Document modifié le 17 juillet, 2017