La carte de liaison est l'ordonnancement de marqueurs (le plus souvent, de courts fragments d'ADN génomiques) définissant chacun un locus (localisation) unique. Ces cartes indiquent les positions relatives des marqueurs les uns par rapport aux autres. Deux marqueurs sont d'autant plus difficilement séparables qu'ils sont éloignés l'un de l'autre.
La carte physique est l'ordonnancement de fragments clonés chevauchants reconstituant la molécule d'ADN de départ. C'est à partir de cette carte que sera choisi l'ensemble minimal de fragments assurant la couverture complète du génome à séquencer. Les distances, mesurées en paires de bases (pb), entre les différents marqueurs sont dites absolues.
L'établissement d'une carte physique utilise les données des cartes de liaison et des informations de recouvrement partiel entre les fragments clonés permettant de définir des groupes de chevauchements.
L'objet de la cartographie physique est de localiser les gènes sur les chromosomes. Pour cela, des techniques d'hybridations in situ ou d'analyses de lignées cellulaires hybrides peuvent être utilisées. Ces méthodes permettent d'assigner à leur chromosome, des gènes placés sur la carte génétique. Nous ne détaillerons pas ici ces méthodes d'hybridation moléculaire. Beaucoup de gènes peuvent être localisés physiquement alors qu'ils ne le sont pas génétiquement. Ceci car les méthodes d'hybridation ne se limitent pas aux gènes polymorphes comme c'est le cas pour les méthodes de cartographie génétique par croisement. Notons que l'ordre est toujours le même sur une carte génétique et une carte physique. Seules les distances relatives changent.